育種所 王建蘭

史記1號(hào)10K液相育種芯片是由史記生物技術(shù)有限公司（以下簡(jiǎn)稱：史記生物）和浙江大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院潘玉春教授團(tuán)隊(duì)共同研發(fā),。該款芯片基于史記生物5個(gè)核心種源品種（史記D1、史記D2,、史記S1,、史記S2,、史記S3）的全基因重測(cè)序數(shù)據(jù)，應(yīng)用浙江大學(xué)技術(shù)體系設(shè)計(jì)開發(fā)而成,，是一款具有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的液相芯片,，為生豬種源育種決策提供科學(xué)依據(jù),，在“豬芯片”國(guó)產(chǎn)化的進(jìn)程上具有重要意義。

該芯片設(shè)計(jì)位點(diǎn)總數(shù)共9,668個(gè),，覆蓋43個(gè)被驗(yàn)證過重要功能基因,，其中，包含品種特異SNP位點(diǎn)5,398個(gè),，在保持液相芯片設(shè)計(jì)基本原則的基礎(chǔ)上,，增加新標(biāo)記，并利用多聚單核苷酸多態(tài)性技術(shù)對(duì)探針進(jìn)行優(yōu)化,，從而產(chǎn)生更多分型質(zhì)量高,、在探針區(qū)域內(nèi)與靶位點(diǎn) SNP 連鎖更緊密的探針，能有效提高育種效率,。綜合兩輪測(cè)試結(jié)果,，史記1號(hào)10K液相育種芯片的樣本檢出率為100%，位點(diǎn)平均檢出率為99.809%,，表現(xiàn)出較好的基因分型檢測(cè)效果,，實(shí)現(xiàn)了不同種質(zhì)資源基因型的精準(zhǔn)鑒定。

一,、產(chǎn)品信息

圖1：芯片位點(diǎn)密度分布

圖2測(cè)試個(gè)體一致性

表1 填補(bǔ)準(zhǔn)確性

二,、育種芯片特點(diǎn)及優(yōu)勢(shì)

近幾年，分子育種技術(shù)的大規(guī)模推廣應(yīng)用依賴于分子標(biāo)記成本的降低與準(zhǔn)確率的提高,，開發(fā)低密度的育種芯片,，不但可以提高檢測(cè)效率，避免標(biāo)記冗余,、還可以降低成本,，史記生物自主研發(fā)的10K液相SNP芯片解決了SNP 芯片“卡脖子”的問題，大量用于全基因組早期選育工作,。該芯片具有如下優(yōu)勢(shì)：

1.準(zhǔn)確率高

該芯片基于4565份遺傳多樣性豐富的大白,、長(zhǎng)白、杜洛克,、皮特蘭核心種質(zhì)的芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行設(shè)計(jì),，利用另外的268份史記生物種豬育種材料對(duì)該芯片檢測(cè)成功率和準(zhǔn)確率進(jìn)行評(píng)估，樣品檢測(cè)成功率為100%,，位點(diǎn)平均檢出率高達(dá)99.809%,，位點(diǎn)檢測(cè)缺失率只有0.191%,，可以實(shí)現(xiàn)對(duì)不同種豬品種進(jìn)行基因分型,。

2.檢測(cè)成本低

通過采用自動(dòng)化檢測(cè)流程，提升了檢測(cè)通量,、穩(wěn)定性和有效降低了檢測(cè)成本,。同時(shí)低密度的液相芯片,，每個(gè)樣本的檢測(cè)成本更低，可以實(shí)現(xiàn)大規(guī)模種豬品種的基因分型和育種應(yīng)用,。

3.靈活性高

基于探針雜交靶向捕獲測(cè)序技術(shù)原理的液相芯片,，后續(xù)可根據(jù)需求進(jìn)一步增加功能標(biāo)記等多態(tài)性位點(diǎn)，進(jìn)一步擴(kuò)展該芯片的應(yīng)用場(chǎng)景,。

4,、數(shù)據(jù)價(jià)值高

史記1號(hào)10K液相育種芯片完成基因分型后可快速進(jìn)行50k高密度位點(diǎn)填充，極大降低全基因組選擇育種成本,。同時(shí)配合全基因組選擇技術(shù),、自主研發(fā)的基因育種值評(píng)估平臺(tái)，能夠精準(zhǔn)評(píng)估種豬的性能和遺傳潛力,，有助于多個(gè)品系的種豬培育,。

三、產(chǎn)品應(yīng)用方向

1,、全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）

2,、全基因組選擇育種（GS）

3、遺傳多樣性評(píng)估

4,、品種純度鑒定

5,、家系劃分及系譜校正

四、研發(fā)團(tuán)隊(duì)

史記1號(hào)10K液相育種芯片由史記生物首席科學(xué)家傅衍教授領(lǐng)銜,，由浙江大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院和史記-浙大基因組實(shí)驗(yàn)室團(tuán)隊(duì)骨干成員共同研發(fā)而成,。史記研發(fā)團(tuán)隊(duì)聯(lián)合浙江大學(xué)長(zhǎng)期致力于種豬遺傳育種技術(shù)研究，在基因組選擇研究,、表型組分析平臺(tái)搭建,、品種溯源分析、整體微生物組學(xué)等方面開展深入合作研究,，并取得多項(xiàng)突破性進(jìn)展,。

史記1號(hào)10K液相育種芯片的順利研發(fā)將大大提高史記生物核心品種的育種效率，精準(zhǔn)檢測(cè)和分析史記種豬多個(gè)重要經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的基因位點(diǎn),，能夠更快速,、準(zhǔn)確地評(píng)估豬的遺傳特性和潛在性能，實(shí)現(xiàn)對(duì)生長(zhǎng)速度,、飼料轉(zhuǎn)化率,、肉質(zhì)品質(zhì)、繁殖性能等性狀的精準(zhǔn)選育,，加速種豬的遺傳改良進(jìn)程,，為培育符合市場(chǎng)需求和養(yǎng)殖環(huán)境的華系種豬品種提供技術(shù)手段。